Gran parte de los visitantes llegan a Zugarramurdi atraídos por las historias y leyendas que fueron surgiendo en torno al proceso inquisitorial de 1610. El origen de este dantesco episodio de la historia de Zugarramurdi hay que situarlo en el relato de una joven de la localidad acerca de sus sueños, en los que aseguraba haber volado y haber visto a varias personas del pueblo participando en Akelarres. Inicialmente el episodio se habría resuelto con la intervención del párroco, quien habría requerido a los culpables que descargasen sus conciencias, pero posteriormente intervino la Santa Inquisición, seguramente avisada por el abad del Monasterio de Urdax.

Como resultado de la intervención de los inquisidores fueron encausadas 53 personas de la comarca, que fueron llevadas a Logroño. La mayoría de ellas murieron en las cárceles o en el camino. El 7 de noviembre de 1610 se celebró el Auto de fe y, como resultado del mismo, 21 arrestados fueron acusados de delitos menores, 21 fueron perdonados y 11 condenados a la hoguera (6 en persona y 5 en efigie, junto con sus restos mortales), habiendo sido quemados el domingo 8 de noviembre de 1610.

Zugarramurdi no es el único pueblo de Navarra al que afectó esta fiebre brujeril. Existen documentos que prueban las vivencias de episodios similares en al menos 64 localidades más. Pero Zugarramurdi, por la dimensión social que tuvo a nivel Europeo aquel Auto de Fe de 1610, se ha ganado el popular sobrenombre de "Pueblo de las Brujas".

Con la intención de dar a conocer lo que sucedió en Zugarramurdi y su entorno a principios del XVII, esta localidad navarra ha rehabilitado su viejo hospital, situado en el mismo pueblo en la salida hacia las cuevas, para instalar en él el Museo de las Brujas de Zugarramurdi.

Museo: Este espacio museístico inaugurado en julio 2007 quiere ser un lugar donde perpetuar la memoria histórica y mostrar al visitante cómo era la vida cotidiana de aquellas gentes. Un homenaje a las personas, hombres y mujeres, que fueron víctimas de una situación social trasnochada, de una ola de pánico brujeril, y de una Inquisición que necesitaba imponer su autoridad. Un espacio de duelo y recuerdo, un lugar donde contar interesantes historias, en su contexto, con sus matices de luz y oscurantismo, de forma rigurosa pero también amena y apasionante. Rompiendo con la imagen folklórica de las brujas, se quiere dar paso a esa otra realidad de unas mujeres y unos hombres acusados de cosas inverosímiles, envueltos en relatos fantasiosos, y finalmente quemados en una hoguera.

Detrás de todo esto, existe también todo un mundo de leyenda y de mitología, con Mari y Aker como protagonistas; en un contexto de fiestas y de ritos paganos que nos hablan de una práctica arraigada en la medicina popular.

Trabajos de investigación como los de Florencio Idoate, el aita Barandiarán, Julio Caro Baroja, Gustav Heninngsen, José Dueso, J. Paul Arzac y Koro Irazoki, entre otros, han servido de base a este proyecto, que aúna la necesidad de proteger su patrimonio y la explotación de un atractivo recurso turístico.